PaleoTax 2.x ist nicht einfach nur die Windows-Version von PaleoTax 1.x, sondern unterscheidet sich in einer ganzen Reihe von Punkten ganz wesentlich von PaleoTax 1.x :

1. Die Datenstruktur wurde umgestellt und praktikabler gemacht. So stellte z.B. die Speicherung einer begrenzten Anzahl von Lokalitäten in der Hauptdatenbank bisher ein gewisses Handicap dar, ebenso wie die Möglichkeit, nur eine relevante Literaturstelle bei jeder Lokalität zu speichern, oder die Erfassung nur einer Gattung bei einer Typusart (obwohl es Arten gibt, die Typusarten für mehrere Gattungen sind). Aus den Strukturveränderungen ergeben sich zwangsläufig auch Veränderungen bei der Bedienung des Programms, die sich aber in vergleichsweise geringem Umfang halten.
2. Datenstrukturen und die Erfassungsmasken sind in PaleoTax 2.x stärker voneinander getrennt. Die Erfassungsmasken sind auch schlauer geworden. Dies ermöglicht eine flexiblere Erfassung von Daten in einer Maske, die nicht unbedingt in ein und derselben Datenbank gespeichert werden. Es ist jedoch zu beachten, dass Veränderungen an der Struktur (z.B. die Ergänzung von weiteren Datenfeldern) - wenn diese Felder am Bildschirm bearbeitet werden sollen - nicht nur in der Datenbank, sondern auch in den entsprechenden Formulardateien durchgeführt werden müssen. Im Gegenzug können störende Datenfelder ganz vom Bildschirm verbannt oder auf eine separaten Seite verwiesen werden. Ab Version 2.x gibt es dazu entsprechende Werkzeuge.
3. Ein Interpreter ist als schnelles und flexibles Werkzeug zum wesentlichen Bestandteil des Datenbanksystems geworden. Listen, Aktionen, Prüfungen werden im wesentlichen vom Interpreter durchgeführt und erlauben daher eine einfachere Anpassung bei Veränderungen. Sollte es z.B. erforderlich sein, bei der Erfassungsmaske der Regionen eine Liste der dort jeweils vorkommenden Arten einzurichten, wäre dies Dank des Interpreters nur eine Kleinigkeit, die ohne Modifikation des Programms möglich wäre.
4. Vordefinierte Dokumente (Grafiken) und frei wählbare Dokumente (PDF, DOC, HTM) können zum Bestandteil vieler Tabellen gemacht werden. Grafiken werden angezeigt; Dokumente können geöffnet werden.